在《修仙家族模拟器》中，清理妖兽的方法包括：
1. 修建镇妖堂：花费1000灵石在游戏内修建，可以清除一定范围内的海域妖兽，效果一般；
2. 增强弟子实力：派实力较强的弟子挑战妖兽，通过提升弟子修为、装备及功法以提高战斗胜率；
3. 利用法宝：在蜀山剑冢获取更优质的法宝，并学习增强法宝威力的技能，以提升对抗妖兽的能力；
4. 运用功法：如武当纯阳功法，金丹期8悟性、8机缘的弟子可轻易击败妖兽；
5. 探索遗迹：在遗迹探险过程中，可获得对抗妖兽的资源和法宝；
6. 养殖妖兽：建立专门房间，聚集灵气物品和食物，使妖兽昏迷后养殖，待升级至元神期再处理；
7. 妖兽材料自由：开启万妖之世，购买动物养殖，待妖变至一定级别后屠宰获取材料；
8. 赚钱与处理妖兽产量：提升屠宰技能和使用相关符箓以增加妖兽材料产量，同时炼制丹药销售以获取灵石；
9. 探索玩法：派遣弟子进行不同距离的探索，以获取更高级别材料，需注意战斗失败可能导致弟子死亡。
通过以上方法，玩家可有效清理妖兽，并利用妖兽资源提升家族实力。
